Según la Comisión, España no ha respetado una sentencia del Tribunal de Justicia Europeo –con fecha de 2005-, según la cual se habían incumplido diferentes directivas comunitarias sobre tratamiento de residuos. El organismo europeo considera que el vertedero de Punta de Ávalos de la isla de La Gomera “constituye un grave riesgo para el medio ambiente y la salud pública”. El gobierno español se comprometió en abril de 2006 a cerrar el vertedero, pero un año después, el cierre no se ha llevado a cabo, de manera que la Comisión ha decidido intervenir y podría imponer sanciones económicas a España, dependiendo de la respuesta de ésta.
Igualmente, la Comisión ha enviado una carta al gobierno español, pidiéndole que se aplique la Directiva comunitaria sobre vertederos en el conjunto del país. Concretamente, el organismo europeo insta a España a “clausurar y descontaminar, a la mayor brevedad posible, los vertederos ilegales”. El Plan Nacional de Residuos Urbanos 2000-2006 admitía la existencia de 3.700 vertederos ilegales en España, la mayoría –pero no todos- ya han sido cerrados.
El tercer caso que ha motivado la intervención de la Comisión son las obras de ampliación de la carretera M-501 en Madrid. La Comisión considera que España “ha fraccionado las obras de la M-501 en cinco subproyectos separados, pero no ha efectuado un estudio de impacto de los efectos combinados de los subproyectos y, en el caso de uno de ellos, no ha llevado a cabo ninguna evaluación en absoluto”. Según el organismo europeo, España no ha tenido en cuenta los efectos sobre las zonas naturales cercanas, como los espacios protegidos de «Encinares del río Alberche y río Cofio».
El Comisario encargado del Medio Ambiente, Stavros Dimas, ha afirmado que España puede “mejorar su sistema de carreteras y ferroviario, pero este objetivo debe alcanzarse sin dañar espacios naturales de gran valor. Esto es posible si la normativa ambiental de la UE se aplica correctamente”.